「縄文人」とアイヌ・琉球・「本土」集団との関係
　日本列島の人類集団は、大別すると、北海道のアイヌ、本州・四国・九州を中心とする「本土」、南方諸島の琉球に三区分されます。日本列島も含めてユーラシア東部圏の古代DNA研究は、ユーラシア西部、とくにヨーロッパと比較すると大きく遅れているのですが、進展しつつあるのは間違いないでしょう。日本列島に関しても、縄文時代の人類のDNA解析結果が蓄積されつつあります。近年では、解析の容易なミトコンドリアDNA（mtDNA）だけではなく、核DNA解析も報告されており、「縄文人」の遺伝的データは以前よりもずっと豊富になった、と言えるでしょう。現時点での縄文人の核DNA解析結果は、3000年前頃となる福島県相馬郡新地町の三貫地貝塚（関連記事）、2500年前頃となる愛知県田原市伊川津町の貝塚（関連記事）、3800年前頃となる北海道の礼文島の船泊遺跡（関連記事）からのものが報告されています。このうち高品質のゲノム配列が得られているのは、船泊遺跡の縄文人です。

　これら縄文人の核DNA解析から現時点でまず言えるのは、縄文人は既知の古代および現代の各地域集団との比較において、一つの分類群を形成するほど遺伝的に類似している、ということです。もちろん、今後ユーラシア東部において、縄文人と遺伝的により類似した古代集団が発見される可能性は低くありませんが、おそらく縄文人はユーラシア東部から日本列島到来した複数の集団の融合により形成されたので、縄文人そのものという遺伝的構成の古代集団が発見される可能性はかなり低いでしょう。考古学的にも、縄文文化は比較的孤立していることから（関連記事）、今後西日本の縄文人のDNA解析が進展しても、縄文人が、既知の古代および現代の各地域集団との遺伝的比較において、一つの分類群を形成する可能性はたいへん高い、と私は考えています。おそらく縄文人は、完全に一致するわけではないとしても、おおむね日本列島限定の孤立した文化集団で、遺伝的にも近隣地域の各地域集団とは明確に区別できただろう、と私は考えています。

　次に言えるのは、縄文人は現代の各地域集団との遺伝的比較で、大きくはアジア東部集団の変異内に収まりますが、その中でも日本列島も含めて沿岸部の地域集団とより類似している、ということです。これは、縄文人の祖先集団が、アフリカからユーラシア南岸経由でアジア南東部まで東進し、そこから北上したことを示唆します。あるいは、両者の類似性は一定以上の遺伝子流動の結果かもしれません。考古学的観点からは、シベリア中部のバイカル湖周辺地域に由来すると思われる細石刃が、北海道では25000年前頃以降、日本列島「本土」では20000年前頃以降に見られるので、縄文人の祖先集団の一源流として、北方からの流入も想定しておくべきかもしれません。また、縄文人は更新世に日本列島に拡散してきた集団の子孫である可能性が高いことも、縄文人のDNA研究では指摘されています。

　日本列島の各集団と縄文人との関係について諸研究で一致しているのは、縄文人との遺伝的近縁性の順番が、近い方からアイヌ集団→琉球集団→本土集団になる、ということです。船泊遺跡の縄文人のゲノムデータからは、縄文人の遺伝的影響は、アイヌ集団では66%、本土集団では9〜15%、琉球集団では27%と推定されています。もちろん、これは幅の大きい推定値なので、今後修正される可能性は高いでしょう。とくに問題となるのは、西日本の縄文人のゲノムデータが得られていないことです。西日本の縄文人との比較では、本土集団への縄文人の遺伝的影響が20%程度になる可能性も提示されています（関連記事）。また、西日本の縄文人の遺伝的構成は既知の東日本の縄文人のそれとは一定以上異なっている可能性が高そうです。そうだとすると、縄文人の遺伝的多様性は現時点での推定より高くなりそうですが、それでも、古代および現代の各地域集団との比較において、縄文人が一つの分類群を形成する可能性は高いと思います。遺伝的影響の推定値に幅がありますし、各集団の違いも大きそうですが、現代日本人が縄文人の遺伝的影響を一定以上受けていることは間違いないでしょう。

　この縄文人と現代の日本列島の各集団との遺伝的継続性についてネットでよく言われているのが、Y染色体DNAハプログループ（YHg）です。縄文人ではYHg- D1bが確認されており、それは現代の日本列島の各集団でも高い割合で確認されています。本土集団でも35.34%と高いのですが、アイヌ集団では81.3%と顕著に高くなっています（関連記事）。このことから、現代日本人の独自性および朝鮮半島や中華地域など近隣地域との違いを強調する見解が、「愛国的な」人々の間では常識になっている感があります。うっかり本土集団と朝鮮人集団や漢人集団との遺伝的類似性を指摘しようものなら、最新の「科学的知見」を無視して捏造に励む「反日左翼」扱いされかねません。じっさい、最近の研究でも、現代日本人のYHg- D1bは縄文人由来と推測されています（関連記事）。しかし、複数の縄文人の核DNA解析で明らかなように、そもそも縄文人は、ユーラシア東部集団という枠組みの中では、既知および古代の各地域集団とは遺伝的に遠い関係にあり、現代日本人の圧倒的多数派である本土集団が、縄文人よりも朝鮮人集団や漢人集団の方と遺伝的に近縁であることは、とても否定できません。mtDNAハプログループ（mtHg）でも、現代日本人と朝鮮人や漢人との類似性が指摘されています。
https://sicambre.seesaa.net/article/201907article_32.html 　 　

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