http://www.asyura2.com/13/nature5/msg/895.html
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STAP論文とは何だったのか①「STAP論文について（その1～その6）」（STAP問題考）
http://azalea3230.hatenablog.com/archive/2014/6
★Electronic JournalのSTAP細胞記事が核心に迫ってきたので、ここでもう一度STAP論文について振り返っておくのも悪いことではないだろう。
★紹介するのは、昨年の6月に書かれた「STAP問題考」ブログのarticle論文およびletter論文を詳しく検討した記事。
★興味深い視点がいくつも提供されていて、当時の動きなども紹介されており、いま見ても参考になるところが多い。
★なお（その○）で番号が飛んでいるのは原文ママ。
（南青山）
2014-06-08
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STAP論文について（その1）
http://azalea3230.hatenablog.com/entries/2014/06/08
STAP論文を、話の筋を追える程度まで専門用語と記号の意味を調べながら読む。
article論文（http://goo.gl/uNX0E6）は「STAP現象」の存在を丁寧に説明したもの。letter論文（http://goo.gl/3qh9PS）はSTAP現象により、分化された細胞が、ES細胞より更に受精卵に近いレベルまでreprogrammingされ得ることを示したもの。
article論文は、STAP細胞の元となった細胞が分化し終わった細胞であること及び、STAP現象により作成された細胞が未分化状態にreprogrammingされることを、多くの実験に及びその解析結果を多数の画像と図を用いて説明している。
情報を精査すれば、2本のSTAP論文の主張は基本的に維持されていると判断出来る。然るに、大小メディア、インターネット、理研、及び科学分野の研究者と称される人達（同業あり畑違もあり、老若男女総出してまで）からのバッシングの結果、両論文とも取り下げ手続き中という状況 --- 何これ ---。
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STAP論文について（その2）
数多の「疑惑」報道中、（公開されるのであれば）学術的検討に値するのは横浜理研の遠藤高帆氏が理研に提出したとされる、小保方さんがNCBIに登録した42個のNGS塩基配列（letter:Supplementary Table2,3）中の1個についての解析結果くらいと思われる。http://goo.gl/9g33nL
遠藤氏の解析は「小保方氏らはF1という種類のマウスから作ったとし、胎盤にもなる能力があると論文に記載したが、B6,CD1マウスをまぜた特徴があった」と論文疑惑としてリークされているが、F1マウスを使ったとの記載は論文には無い。
論文には B6GFPx129/Sv mice（B6GFP,C57BL/6 line with cag-gfp transgene）使用と記載されている。小保方さんは、STAP細胞を Fgf4（fibroblast growth factor）下で樹立した幹細胞をFI-SC（Fgf4 induced stem cell）と名付けて2個のFI-SCのNGS塩基配列（ChIPSeq_H3K27me3、ChIPSeq_H3K4me3）をNCBI に登録しているが、「F1」とはこのことか？？？
解析結果が公開されて、STAP論文共著者（特に遺伝子専門家）の見解を聞きたいと思う次第。
2014-06-10
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STAP論文について（その4）
http://azalea3230.hatenablog.com/entries/2014/06/10
（4-1）
2本のSTAP論文の主張は基本的に維持されていると判断出来る理由、それは、「小保方さんから提供された細胞からのキメラマウスの作成」と言う事実が存在することです。以下（4-2）～（4-4）に説明します。
（4-2）
2論文の共著者である若山照彦（現山梨大学教授）さんは、山梨大学の下記Webページで、
http://www.yamanashi.ac.jp/modules/information/index.php?page=article&storyid=768（※引用者注：リンク切れ）
http://goo.gl/BpJtQ6（※引用者注：リンク切れ）
STAP細胞の論文の問題について
2014年03月10日｜お知らせ
「今年1月30日にNature誌に発表したSTAP細胞に関する論文について、現在、多くの問題が指摘されております。私が担当した部分（共著者より提供された細胞からのキメラマウスの作製、及び幹細胞の樹立）については、自信を持って適正に実験がなされたと言い切れます」と述べています。
（4-3）
STAP細胞論文に関する笹井芳樹副センター長の会見時の下記資料
http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf
http://goo.gl/G3GvpW
に示されているように、「リンパ球やES細胞よりSTAP細胞はさらに小型サイズの特殊な細胞」であって、「（STAP細胞とES細胞等とを）判別することが専門家（若山さん）に出来ないと言う事はあり得ない」と言う会見時の笹井さんの説明に納得出来ます。尚、上記資料の（2/3）ページは、「STAP現象を前提にしないと容易に説明できないデータがある」との表現で纏められています。
（4-4）
（共著者より提供された細胞からの）キメラマウス作製の説明画像が、山梨大学のここにあります。若山さんの説明が付いています。
http://www.yamanashi.ac.jp/modules/information/index.php?page=article&storyid=755（※引用者注：リンク切れ）
http://goo.gl/aLBljG（※引用者注：リンク切れ）
本学の若山照彦教授が参加した研究論文がNatureに2篇同時掲載
2014年01月30日｜トピックス（2013年度）
追記（2014-11-24） 山梨大学の上記URLはリンクが切れています。貴重なデータであると思いますので下記に fair-use と認識出来る範囲で保存データをポストします。
http://bandw77.web.fc2.com/wakayama.html
図1．STAP細胞を受精卵へ注入しキメラ胚を作製。
（A）新生児のリンパ球から作られたSTAP細胞。
（B）STAP細胞を直径約20マイクロメートル※のガラス管に吸い込んだところ。
（C,D）胚盤胞の中へガラス管を挿入し、STAP細胞を注入。
（E,F）STAP細胞を注入した胚盤胞。今回使用したSTAP細胞は、GFPマウス（体が緑色に光るマウス）から採取したため、STAP細胞も緑色に発色する。注入された胚盤胞の中に緑色のSTAP細胞が入っているのが確認できる。
図2．STAP細胞を受精卵に注入して作ったキメラマウス。
（A）STAP細胞を注入して生まれてきたマウス（写真下の赤ちゃん）は、体全体にSTAP細胞が分布しており受精卵由来細胞とのキメラになっているのが確認できる。緑色に光っている部分がSTAP細胞由来。上は対象区の普通の赤ちゃんで全く光らない。分化した体細胞が、クローン技術やiPS細胞技術を行わず、より自然な方法で初期化され、再び全身のすべての細胞へ分化できることを証明した写真。
（B）Aと同じ写真を普通の光で観察したもの。
［注1］ （4-2）～（4-4）の説明で示されたデータ（画像等）は、笹井さんの説明資料及び若山さんのキメラ実験画像を含め、「重箱の隅疑惑」とは無関係です。
［注2］ メディア等では「STAP細胞」と言っているが、2論文中では、STAP-SC（STAP stem cell）及びFI-SC（Fgf4 induced stem cell）の2つの幹細胞と、自己増殖能力の無いSTAP細胞の3種類を区別している。STAP-SC、FI-SCはSTAP細胞からの樹立方法、条件の違いによる。
STAP細胞自体は自己増殖能力が無いが、胚盤胞へ注入すると増殖し、胎児、胎盤及び卵黄膜内胚葉に寄与し得る。即ち、STAP細胞（くどいが、STAP幹細胞ではない）は、ES細胞ともTS細胞とも似た遺伝子的性質を持っていることが示されている。
FI-SCは、ES細胞ともTS細胞とも似た遺伝的性質を備えていることを説明している。
STAP-SCは、ES細胞と似た遺伝子的性質をもつが、TS細胞とは似ていないことが示されている。若山さんが山梨大学のWebサイト掲示しているキメラ実験の様子を示す画像はSTAP細胞の胚盤胞注入実験である。
2014-06-14
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STAP論文について（その6）
http://azalea3230.hatenablog.com/entries/2014/06/14
2月初めに、STAP論文に対する疑義なるものが聞こえて来た時点で、理研理事長 and/or CDBセンター長は、「新説が定説に定着するまでの何年かは科学の場での議論に委ねましょう」てな調子で（特に理研理事長はノーベル賞受賞者の貫禄を発揮して）小保方さん及び共著者を外部の雑音から守り、直ちに小保方さんを中心に再現実験を始めると言う判断が取れなかったのだろうか？
細胞リプログラミング研究ユニット（小保方研究室）は「CDBセンター長戦略プロジェクト」
http://www.cdb.riken.jp/jp/02_research/0207_strategic00.html
http://goo.gl/j3AuyT
であった。CDBはSTAP細胞研究の戦略性を認識して小保方さんにユニットリーダーへの応募を誘い、評価の上、彼女を研究ユニットリーダーに推薦（理研理事長へ）した。STAP説と言うある種突飛な説であるからして、CDBセンター長ご自身それなりの検証をしての判断であったはず。又、理研理事長はまずご自分が事態を判断するにあたって、最低限の情報収集手段として、少なくとも笹井さんの lecture を受けるべきだったのでは。
理研理事長 and/or CDBセンター長は、ご自分の体を張って小保方さん達を外部からのバッシングから（ひょっとすると理研内部からも）守り、小保方さんを査問に付すようなことをしないで、直ちに再現実験を進めていれば、3月ないし4月の時点で概ね決着していたのでは。
［注］STAP論文をnatureに投稿したのは、小保方さんが研究ユニットリーダーに着任するかしないかの時点です。論文の土台となる実験と解析はほとんど全て、若山研究室の客員研究員時代に若山さんの指導と協力得て行ったものと判断されます。小保方さんはそのSTAP細胞研究を評価されてユニットリーダーに採用されたのです。
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