なぜならリスクの面について「因果関係の証明がない」と言われてしまったら、
こちら側が不利になる可能性も考えられます。

法務部に「法的な問題」と「責任問題」を明確にするように
話をするなどをして、ワクチン接種を「拒絶」する方向に
持っていくべきだと思います。

下手に「受諾する」などと記載のある契約書に署名や捺印をしない方が良いのではないでしょうか。

民事上の契約は、一旦締結されてしまうと一方的に任意に解除ができないのが原則です。

よく「同調圧力」などと言いますが、
そもそも従業員は、
法的には、会社の内部の構成員ではなく、
単に「雇用契約」を会社と結んでいるだけ、という認識をした上で、
今回の問題を考えていくべきなのだと思います。
（民法623条〜631条など）

よく従業員のことを指して「社員」と呼ばれることがありますが、
法的には従業員は社員ではありません。
本来、社員とは「社団（会社等）の構成員」を指す法律用語ですが、
社員とは「出資者」のこと指し示す言葉です。

話を戻しますと、この契約書が「受諾契約書」であるので、
（条件付きではあるものの）接種することを受諾（受け入れる）のを前提とした
契約になっていることに危うさがあると考えられるのです。

そうでなくワクチン接種を「拒絶」するために「会社に説明責任を果たせ」と
主張していくことが大事なのではないでしょうか。

例えば、
（1）「雇用契約に関して、ワクチン接種をすることが契約の内容になっていない」
（2）「契約の内容に追加をするには、お互いの合意が必要な筈だ」
（3）「契約内容の追加をするのであれば、その必要性を明確にすること」
（4）「追加する内容が、科学的、合理的根拠が本当にあるのか」
（5）「万が一、問題が生じた場合の責任及び賠償について明確に示せ」

ワクチン接種の問題は、命と健康のリスクがある問題なのですから、本来、会社から接種を強制される謂われはありません。
厚生労働省のワクチン接種後の副反応報告書や、ワクチン接種が法的にも義務ではないことの根拠などを示しながら、よく話し合うことが必要だと思います。