実は宮古島と沖縄諸島との間は290ｋｍも離れ、「宮古凹地」とよばれる無島海域が広がっている。そのため中部地域と南部地域はお互いに望見することが出来ず、往来が断絶されていたからであろうか。

　この南部地域（先島地域とも言われる）に新石器時代が訪れるのは、約4000年前のことである。

波照間島で下田原貝塚という遺跡が発掘されている。出土した土器は、紀元前1800〜1300年前ごろの、胎土の粗い、丸底の八重山式土器で、一方、石器のほうは、刃部だけを磨いた局部磨研石器で、台湾の巨石文化期のものと類似する。

　石器類が耕作用とみられることから、当時、すでに漁撈と共に、イモやアワを主作物とする畑作農耕が行われていた可能性がある。

　この南部地域は、その後不思議な動きをする。新石器時代後期といわれる紀元前後のころから、折角持った土器文化を忘れ（捨て？）、また「無土器文化」に逆戻りする。これは、この地域の衰退を意味するわけではない。

　周りの珊瑚礁の海から得られる豊富な食料資源に支えられ、人口は増加し集落の規模は拡大しているのである。

土器を使わなくなった彼らは、いわゆる「ストーンボイリング」と呼ばれる調理用の石蒸し方法を多用し、その遺構も残している。

　また、石斧に加え貝斧というシャコガイから作った特殊な道具を使ってる。

　これはフィリッピン方面との繋がりが指摘されている。（右図参照。貝斧拡大サンプル）　
　 　
このように南部地域は、考古学的資料からは、10世紀ごろまで南方の文化が卓越していたとみられ、北部、中部と違って、本土の文化の影響は受けなかった。

　また、民族集団としても、縄文人や弥生人との交流がなく、台湾やフィリピンなど南方との繋がりを感じさせる。

14世紀から15世紀に沖縄本島に興った琉球王国による海上交易の中継地として次第にその影響圏に置かれた。1500年に石垣島の按司オヤケアカハチが反旗を翻すと、尚真王は征討軍を編成するが、宮古島の豪族・仲宗根豊見親が先鋒となって石垣島に上陸し、オヤケアカハチを討ち取った。これによって先島のほぼ全域が琉球王国の支配下に入ったが、与那国島では女首長サンアイイソバ（サカイイソバともいう）による独立状態がしばらく続いた。
1609年、薩摩国の島津氏による琉球王国侵攻以降、薩摩の過酷な搾取に窮した琉球王府は先島諸島に対して人頭税を導入し、ここから搾取した。このため、先島の各地には子供や妊婦を処分する遺構が残されている。

縄文文化の影響が強かった沖縄諸島に対し、先島諸島（宮古諸島・八重山諸島）ではかなり違った様相が見られる。縄文時代に当たる古い時期には、厚手平底の牛角状突起がある下田原（しもたばる）式土器などが見られる。

これらは縄文土器よりも台湾先史時代の土器との共通点が指摘されており、この時期には縄文文化と異なる東南アジア系の文化があったとも考えられる。その後約2500年前から先島諸島は無土器文化の時代に入るが、この時代もシャコガイを用いた貝斧など東南アジアとの関連性を示唆する遺物がみられる。

約800年前ごろになるとカムイヤキや鍋形土器などがみられるようになり、本島地方と近しい文化をもつようになる。