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特殊法人であったが、1986年（昭和61年）に特別民間法人となり、農林中央金庫法を根拠法とする純粋な民間金融機関となった。
1990年代後半より、貸出利率は下落し貸付業務は徐々に魅力をなくした。そのため、潤沢な資金を背景にヘッジファンドとして転換を遂げた。米国一流大学のMBA取得者約300人を抱える有価証券投資部門を擁し、ロンドン、ニューヨーク、シンガポールを拠点に海外積極投資を展開している。
銀行免許を持つ金融機関でありながら金融庁ではなく農林水産省の所管となっている。約3,200人の職員で、JAバンクから上がってくる約80兆円の預金を運用するため、有価証券投資、法人向け大口貸付業務が主流業務となっている。そのため、農業組合等の第一次産業事業への貸付は全体のポートフォリオの5%に満たないことから、一次産業推進のために設立された金庫の存在意義が度々疑問視されている。
現在、JAバンクへの管理、コンサルティング業務を行う傍ら、各県の信用農業協同組合連合会（県信連）との経営統合を進めており、これまで青森県、宮城県、秋田県、山形県、福島県、栃木県、富山県、岡山県、長崎県、熊本県の各県信連との経営統合を完了した。

農業協同組合（JA）、漁業協同組合（JF）、森林組合その他の農林水産業者の協同組織の金融の円滑化を目的として、預金の受け入れ、資金の移動や貸付、手形取引、有価証券運用および、根拠法である農林中央金庫法で定める業務を行っている。政府出資は1986年に廃止された。
小切手法（昭和8年法律第57号）の第59条、および「小切手法ノ適用ニ付銀行ト同視スベキ人又ハ施設ヲ定ムルノ件」（昭和8年勅令第329号）によると、農林中央金庫は銀行と同視されるため、小切手金の支払人たる資格を有することとなる。
系統金融機関における主たる業務として、系統組織、法人向けの融資や預金受け入れ（預金総額のうち8割強が会員からの受け入れである）を標榜しているが、近年においては国内最大規模の機関投資家としての側面を大きくしている。
また、割引農林債券「ワリノー」および利付農林債券「リツノー」「リツノーワイド」と呼ばれる金融債を発行していたが、リテール向けについては、2006年（平成18年）3月27日をもって売出しが中止された（但し、機関投資家向け募集形式では継続中）。また、投資信託や定期預金の新規受付も徐々に停止し、一部支店では大口法人以外の新規口座開設も今後受け付けない方向になる見通し。但し出来なくはないので店頭で応相談となる。債券がすべて償還されてから約2ヵ月後の2011年（平成23年）5月23日以降は、個人名義の口座がすべて本店へ統合され、個人顧客の取引チャネルが、本店窓口とテレバンのみとなる。この時点で、個人の取引が可能なものは、すでに保有している銘柄の投資信託の追加買付と解約のみとなっており、新規の取引は出来なくなっている。各地の支店は、各地の信連を統合した際の受け皿として機能している状態になっている。
そして、各店舗も地元のJAビル内に空中店舗化される傾向にあり、その一部については口座店が本店に移管されることになっているところもみられる。 空中店舗となった拠点はATMが撤去され、期間限定で地元JAのATMを無料利用できる形をとるが、それ以降は地元JAに移管して利用するなどの対策を各自でとらねばならない。
一方、2006年（平成18年）9月に期限付劣後債をユーロ市場で発行する事を発表。広く海外や国内の金融機関から資本調達する事で、系統組織に依存しない機動的な態勢を強化する目的。
2010年（平成22年）度半期の経常利益は1,039億円、純利益は834億円であった。
貸付・有価証券投資[編集]
1980年代後半のバブル景気時代には住宅金融専門会社（住専）に多額の貸し込みを行っていた。リスクの大きい物件の不動産融資に傾注していた住専は1990年代に入り、バブル崩壊とその後の平成不況による地価下落・住宅価格下落で破綻し、農業協同組合等の系列金融機関（JAバンク系）も破綻は時間の問題となっていた。しかし、1996年の第136回国会、通称住専国会における特定住宅金融専門会社の債権債務の処理の促進等に関する特別措置法の制定に伴い、国費により住専の債権が買い取られたことにより救済され、破綻を免れた。
その過程で、農水省経済局長は大蔵省銀行局長との会談にて「農林系金融機関の返済を優先する」との覚え書きを得ている[1]。
「住宅金融専門会社#特定住宅金融専門会社の破綻問題」も参照
1986年（昭和61年）9月の農林中央金庫法の改正による特別民間法人化、2001年（平成13年）の金庫法全面改正を経て経営体制の大幅刷新、および投資銀行へと大きく舵を切り[2]、資金余剰で金利の低い国内金融を縮小し、金利の高い米国を中心とする外国債権購入・外国債券投資を増やした。この転換は米国の金利引き上げと円安傾向とあいまって利ざやが大きく大きな利益をもたらした。しかし、2007年後半から米国のサブプライムローン問題の顕在化で、これまでとは逆の米国の金利引き下げと米ドル安トレンドとなり、2008年（平成20年）3月期の最終利益は過去最高を達成したものの、日本の株価の値下がりの影響による870億円あまりの損失と合わせて2743億円の損失も計上することとなった[3]。2008年（平成20年）度に入ってサブプライムローン問題はさらに深刻化、金融危機が米連邦住宅抵当公庫（ファニー・メイ）や米連邦住宅金融抵当公庫（フレディ・マック）の旧連邦政府系金融機関にも及び、ファニー・メイの株価だけでなく両社発行の社債価格も大幅に下落した。両者の社債を日本国内で最大規模の5兆5000億円を保有[4]する農林中金は再び不動産金融で危機を迎えるのか予断を許さない状況だったが、政府管理下に置かれて元利払いが継続されるためこの問題は乗り越えた。9月中間決算で証券化商品の評価損として810億円を処理した。