記事表題にある上記の記述に、素人ながら違和感を覚える。
記事本文にもその表題に相当する記述があるが、仮に、押収品の一部が意図的に隠されたり、
逆に、被告側が元々無かった物を、例えば、押収品の中にあった筈だと言った張った場合など、
どのように処理されるのだろうか？

そんな事態は生じないように法整備されてるのではないのだろうか？

第百七十九条 　被告人、被疑者又は弁護人は、あらかじめ証拠を保全しておかなければその証拠を使用することが困難な事情があるときは、第一回の公判期日前に限り、裁判官に押収、捜索、検証、証人の尋問又は鑑定の処分を請求することができる。

検察は証拠を隠し、第1回の公判を迎えてしまえば、その隠した証拠が真実を語る重要なものでも裁判に用いられる事が無いともとれますね。
この法律は検察の冤罪作りを手助けする事になりますね。
判検交流も、証拠のない推認判決容認も冤罪作りの道具ですね。
検察審査会も冤罪作りの道具になり得る事を陸山会事件が示しているので、日本の法律は憲法が規定する基本的人権を無視し、為政者が使いやすい内容に変えられていますね。
この事実を無視し、憲法解釈も時の内閣が変えられると考えている為政者がいる現状では、憲法違反の法律は冤罪作りの決め手になりますね。
憲法の見直し以前に現状の法律で、憲法違反が有るものの見直しが不可避ですね。

>05 ですが、定められた手順を踏んで立法府が法を改正することに、異存はありません。

それはそれとして、今回のＰＣ遠隔操作事件について言えば、初回公判までに充分な時間があったので、
弁護人を含めた被告側はしかるべく手を打てたのではないかとも思います。

裁判所は真実を追求する場で有って欲しいと考えています。
しかし、長年培った裁判の歴史で、検察と弁護人の知恵比べの場となっているようです。
検察は国費を無尽蔵に使い、被告人は個人の財産を使うと言うアンフェアーな状況で、裁判所は検察は間違わないとの前提条件で裁判を進める傾向が有り、検察調書優先がその例と感じています。
資金に余裕が無ければ弁護人の数も限られ時間が有っても検察が何を隠しているかまでは突き止められないケースが多くあり、然るべき手を打っても抜けが出ると思われます。
この裁判も検察側の担当者と弁護人の人数にはかなりの隔たりが有ります。
検察は裁判所を納得させる架空の証拠を多く用意している事は確たる証拠が含まれない640点の証拠提出が物語っています。
この様なアンフェアーな裁判で、弁護人の要求を拒否し、検察の不確かな証人の説明を擁護する裁判所に正義が有るのでしょうか。
裁判所が良く使う、法に従い・判例に従いとの検察擁護の姿勢に中世を感じるのは私だけでしょうか。
裁判ではプロである検察には厳しく、推定無罪の被告人には助け舟を出すのが裁判所が取るべき姿であって欲しいと願っています。