http://www.asyura2.com/13/nature5/msg/810.html
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(回答先: 再論：STAP細胞はES細胞であり得ないことを端的に示す若山氏のインタビュー発言（日経サイエンス） 2015年5月2日 投稿者 南青山 日時 2015 年 5 月 16 日 01:05:10)
上の投稿記事に対してコメント欄01で、①～④項目について疑問点の指摘があった。
それぞれ、よくある反論であり、STAP細胞騒動でずっと続く争点とも言えるので、現時点で筆者にわかっている範囲で回答しようと思ったら、メモ程度のものにもかかわらず、けっこう長くなってしまった。
そこで新たに投稿することにした（まあ回答というよりも多くが論点、疑問点の提示なのだが）。
それでも①～④で書かれているような臆断まがいのことで、STAP細胞騒動を幕引きにするわけにはいかない、STAP現象についてはまだ何もわかっていない、というのが筆者の現在の認識である。
決定的と言われた若山氏のマウス入れ替え騒動も結局は捏造だったし、これこそ決定打と何かと引き合いに出される遠藤高帆論文にしても、実は疑問点だらけなのだ。
①小保方晴子が「スタップ細胞はあります。二〇〇回以上成功しています」といったのは、Oct4遺伝子の発現のことを指している。Oct4の発現は、初期化の必要条件の一つに過ぎないので、もし光ったとしても、それだけでは、初期化したことにはならない。小保方が見たという緑色の発光は、多くの人が指摘しているように、細胞が死ぬときの非特異的な発光である可能性が非常に高い。しかも、彼女自身にも、STAP細胞作成のプロトコールを発表した丹羽仁史にも、Oct4発現を再現できなかった。彼らの発表したプロトコールとは一体何だったのだろうか。
（回答）
「スタップ細胞はあります」発言については、故笹井氏の「STAP現象」発言（「科学研究面に関する説明資料」笹井芳樹 http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf）を参照されたい。
また、理研が発表した2014年12月19日の「STAP現象の検証結果」（http://t.co/Sq7CTfoQqZ）では、ネイチャー論文ほどはっきりした形ではなかったにせよ、故笹井氏が何度も述べていた「real phenomenon（本物の現象）」が確認されていた。それは、ATP処理による方法で出現した。
以下、「STAP現象の検証結果」該当個所の引用。
「最も効率よく、高い再現性で確認されたのは、肝臓由来の細胞をATP処理した時で、独立に行った49回の実験のうち37回でSTAP様細胞塊の出現が確認された。
・・・
STAP様細胞塊を一つ一つ単離し、そこからRNAを抽出して、定量PCR法による多能性細胞特異的分子マーカー遺伝子の発現を検討した。この結果、3回の独立の実験において、解析したSTAP様細胞塊の17％において、ES細胞における発現量の10％以上のOct3/4の発現を検出した。
・・・
これらの結果から、肝臓由来の細胞をATP処理して得られたSTAP様細胞塊においては、少数ではあるものの、Oct3/4を有意に発現する細胞が含まれていると結論した。」
②実験は、生後一週間のマウスの脾臓から分離した細胞（CD45分画）を用いて行われた。その分画のなかに含まれているTリンパ球がSTAP細胞になったことの証明として、TCR遺伝子の再編成データを示したが、捏造であった。その上、増殖能をもったSTAP細胞（STAP「幹」細胞）には、「TCR遺伝子の再編成は八株の細胞のすべてで見られなかった」と上述のプロトコールのなかに書いてあった。寅さんであれば、「それをいったらおしめぇよ」といったことであろう。STAP細胞が「誘導」されたという根拠は消え去った。
（回答）
「TCR再構成はSTAP幹細胞には観られなかった、の意味」以下の文章を参照。（「TCR再構成と証明と研究不正。STAP細胞」http://radiation-japan.info/journal/science/stem_sell/stap-cell10.html 真葛原雪のホームページ）
また、須田桃子『捏造の科学者』の「TCR遺伝子の再編成は八株の細胞のすべてで見られなかった」ことの意味について故笹井氏が語っているパートを参照。
要するに「STAP細胞の候補になったのはT細胞だけではなく色々な細胞が入ったCD45+細胞なので、STAP幹細胞にT細胞のTCR再構成がみられなかったとしても、それだけでSTAP細胞は非存在とは言えません」（同「TCR再構成はSTAP幹細胞には観られなかった、の意味」より）ということだ。
③本当に初期化したのであれば、マウスに移植したときに奇形腫を作り、胚操作によりキメラマウスを作らねばならない。しかし、STAP細胞から奇形腫を作ったという画像は、STAP細胞以前の画像の使い回しであることが分かった。完全な捏造である。
（回答）
「テラトーマという証拠 テラトーマの写真は一部筆頭著者自身が昔書いた論文の写真を貼ってしまったミスがあり捏造に当たると理研に判定されて話題となりましたが、その部分以外にもテラトーマの写真は存在しているのでそれを多能性の証拠とできるかどうかですが、そもそもテラトーマ形成能がある129系統のマウスを使用しているので、それで多能性がある・無いが言えるのかどうかは？です。また、キメラマウスというより確実な多能性の証明があるので、テラトーマは添え物的位置で、わざわざ捏造までする意味があったのかどうかすら意味不明です。」
（「TCR再構成と証明と研究不正。STAP細胞」http://radiation-japan.info/journal/science/stem_sell/stap-cell10.html 真葛原雪のホームページ）
④キメラマウスなどの作成のために使った細胞は、既存のES細胞であったことが、理研統合生命医科学研究センター（横浜市）の遠藤高帆のゲノム解析によって明らかになった。
（回答）
遠藤論文についてはその信憑性について疑問点、問題点が多々あることが多数指摘されている。
要するに、あてにならず、決定的な反証ではないということだ。
詳しくは以下の記事を参照のこと。
「遠藤高帆氏の「論文」を検証する」http://azalea3230.hatenablog.com/entries/2014/11/08
「遠藤高帆氏の「論文」を検証する --- 補足 ---」http://azalea3230.hatenablog.com/entry/2014/11/10/081917
「遠藤高帆氏の「論文」を検証する --- 補足(2) ---」http://azalea3230.hatenablog.com/entry/2014/11/10/230304
「遠藤高帆氏の「論文」を検証する --- 纏め１ ---」http://azalea3230.hatenablog.com/entries/2014/11/15
「遠藤高帆氏の「論文」を検証する --- 纏め２ ---」http://azalea3230.hatenablog.com/entry/2014/11/20/200922
（以上、STAP問題考）
「素人向けに分かりやすく解説してほしい遠藤高帆氏のSTAP論文解析論文－日経サイエンスを読んで」http://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/15975953.html
（以上、理研STAP細胞論文調査委員会報告、改革委提言等への根本的疑問）
「遠藤高帆博士のSTAP細胞トリソミー解析論文」http://radiation-japan.info/journal/science/stem_sell/stap-cell9.html
（以上、真葛原雪のホームページ）
「調査委の報告が遠藤氏論文と食い違う件。」http://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/12757326.html
「じつは遠藤高帆論文もウソだった。」http://blogs.yahoo.co.jp/nx3262p0yz057j/12752526.html
（以上、DORAのブログ）
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