三面記事で言われてるような男女の仲とか想い入れではなかったと思う。せいぜいセクハラオヤジ的発言があったり勘違いされる行動があったかもしれないが。（ただし小保方はその辺も笹井氏の行動を制御するために「この人痴漢です」的に最大限に悪用したかもしれない。社内の規律委員会にスピークアップしたそうだからね。）

笹井氏は50歳前後のようだが、このくらいの年齢になると、自分で実験をやったりノートを取ることはなかなか無いだろう。相手もユニットリーダーであれば、いちいちデータの確認をとる事も無い。実験ノートはあくまで不正を防ぐ担保の制度なので、疑いが起きない限り本人以外が見る物でもない。
つまり中間管理職、会社で言えば部長、事業所長クラスが１プロジェクトの特任リーダーを依頼された状態なのであり、こういう場合の仕事と言えば、出てきた成果物、つまり論文ドラフトをレビューし、ここの流れがおかしとか、ここにこういう情報を補強しろとか、そういう指摘を毎日毎日やっていく事である。この辺のセンスが笹井氏の場合は絶妙であり、だからこそブランド論文執筆者として今の地位を築いたと言える。最終局面に近くなると背に腹は替えられなくなり、その書き直し作業自体を自分でほとんどやってしまうような「手伝い」もやっただろう。

しかし、書いてある事が嘘かどうかというのは、少なくともごく最近まで全く疑っていなかったはずだ。そんな暇などなかったはず。

結果としてほとんど笹井氏の文体で、中身は捏造そのものの論文が出来上がってしまった。これは笹井氏が依頼された通りの仕事を完璧にこなした証拠である。
（ちなみに、だからと言って笹井氏の罪が軽くなる訳ではない。本来こういう「単なる論文のドレスアップ」は氏の立場の仕事として学術論文に対してやってはならない。これは営業プレゼン資料ではないのである。ドレスアップするにしてもそれにふさわしい信頼性を持った内容化を何重にも吟味すべきであり、要は笹井氏は「手間を極限まで効率的にやり過ぎた」のである。）
さて、問題はなぜ笹井氏にそういう指示がだされたか、だが、理研のトップ、さらにはその上の政治の力が大いに疑われる。
現在、安倍首相が進める成長戦略の重点課題の１つに再生医療が上げられているが、これは実はまだ海千山千ともつかないものが犇めいていて、詐欺師めいた人たちや金儲けのネタを探す人々が犇めいているのである。
安倍首相の相談相手とも言える日本再生医療学会理事長の岡野氏は、米国の元・再生医療学会会長のバカンティ氏とも親しい仲であり、内閣への紹介もしていると創造されるが、そのバカンティ氏は実は有名な偽造常習犯であり、ただそれを論文発表しないために罪を問われていないだけの人物なのである。要は何か怪しげな「成果」をぶち上げて金を集めるという、詐欺師に近い人物、そしてその最も新しい「弟子」が小保方氏なのである。
つまり、理研が小保方さんの研究を重点研究にしたルートは、岡野氏がバカンティを（素性を偽って）官邸に紹介し、その一番弟子である小保方さんの研究をプロモーションせよ、という政府筋の指示が理研に対して出された、というのが最も「ありえる」ストーリーになる。

そう仮定すると、理研の信頼や重要な学者の学者生命を奪うことになるであろう今回の捏造研究は、成長戦略を煽る政府がまんまと詐欺師たちの話に乗ってしまって誤った指示を出してしまった結果、という話になる。この責任は、誰が取るのだろうか？

センター長に依頼されて面倒をみることになったと説明されており、大筋、この見方に同意する。ただこれだけ重大な大事件ともいうべき生物学的大発見に対して、権威ある生物学者である笹井氏が、その真贋に関心を持たないことはあり得ない。まして、他の学者の仕事であれば批判的にとらえるのが正当な立場と思える。この科学者の立場を放棄して、変節に至らしめたものはなにか、明らかにされる必要がある。

いくら説明してもマスコミやアンチには無駄なんだろうね