笹井副センター長に対する反論：大隅典子教授
http://marugametorao.wordpress.com/2014/04/18/%e7%ac%b9%e4%ba%95%e5%89%af%e3%82%bb%e3%83%b3%e3%82%bf%e3%83%bc%e9%95%b7%e3%81%ab%e5%af%be%e3%81%99%e3%82%8b%e5%8f%8d%e8%ab%96%ef%bc%9a%e5%a4%a7%e9%9a%85%e5%85%b8%e5%ad%90%e6%95%99%e6%8e%88/
大隅典子教授が笹井副センター長の「STAP現象を前提にしないと容易に説明ができないデータがある」について、反論をブログで公開している。是非、この反論を理研の関係者にメールし、反論に対する返答があれば、彼女のブログで公開してほしいと要望を書いた。

大隅 典子（おおすみ のりこ）は、日本の神経科学者（神経発生学・発生発達神経科学）。学位は歯学博士（東京医科歯科大学・1989年）。東北大学大学院医学系研究科教授、日本学術会議第二部会員、特定非営利活動法人日本分子生物学会理事長。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%A4%A7%E9%9A%85%E5%85%B8%E5%AD%90

大隅典子の仙台通信
http://nosumi.exblog.jp/20586616/

2014年 04月 16日
STAP細胞を前提にしないと説明できない？
「ソチ・オリンピックまでか？」と当初思ったSTAP細胞騒動がまだ続いています。本日はNature論文の責任著者でもあり、理化学研究所発生再生科学総合研究センター（CDB）副センター長の笹井氏の記者会見が都内で行われました。

本人説明が45分、質疑応答合わせて全体で３時間以上の会見だったとのこと。
200名もの報道陣の方々も、十分に聞きたいことを質問できなかったのではないでしょうか。
残念ながら全体の動画を見る時間が取れていないので、理研の用意した資料について、気になる点を挙げておきます。
STAP細胞論文に関する笹井芳樹　発生・再生科学総合研究センター副センター長の会見（本日15時開催）時に説明に用いた資料
（PDF：http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf）

こちらの２頁目に「ＳＴＡＰ現象（←STAP細胞とは言っていない）を前提にしないと容易に説明できないデータがある」の例として３つ挙げられています。
これらについて、「STAP現象」ではなくても説明できるのではないか、という私見を記します。

A)　ライブ・セル・イメージング（顕微鏡ムービー）
これは、笹井氏が最後の段階で助っ人として若山氏に「請われて」責任著者になり、リバイスの実験として行ったもの（質疑応答より）ということで、「未分化マーカーのOct4-GFPを発現しない分散したリンパ球から、Oct4-GFPを発現するSTAP細胞特有の細胞塊」が形成されたことを示すものとして提示されたSupplemental Movieのデータを指しています。
資料によれば、「顕微鏡の自動観察なので、人為的な操作は実質上不可能であること、死細胞の自家蛍光とは別」であるとしています。

しかしながら、多能性幹細胞の専門家によれば、死にかけの細胞でOct4が発現することがあるのではないかと言われていますので、それはSTAP細胞ではなかったかもしれません。
とくに、お掃除細胞のマクロファージに追い回されているように見える動画（下記）は、緑色の細胞が死にかけの状態であることを示しているようにも見えます。

上の画像は、下記Video2の後半からのスナップショットですが、緑色の細胞の中には細長い形のものもあり、仮にこういう細胞の短径の部分を電子顕微鏡で撮影すれば、とても小さな断面になるかもしれません（下記のB項目関係）。
ちなみに、このムービーの説明では、酸による刺激を加えて培養してから０〜６日目であるとなっていますが、その根拠も示されていませんね。
（より誠実な示し方をする場合には、分や時間のカウントを隅に入れます）
また、ムービーを見て頂くと、まるで細胞質が崩壊するようなシーンも見えます。

Supplementary Video 1
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_SV1.html
Supplementary Video 2
http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12968_SV2.html

B）特徴ある細胞の性質
STAP細胞はリンパ球やES細胞よりもさらに小型の特殊な細胞であるとして、ES細胞とSTAP細胞（仮）の電子顕微鏡画像が資料には貼り付けてあります。
ただし、電子顕微鏡画像は２次元データです。
細胞の切り方によっては、大きな細胞でも小さな断面を示すことは可能です。
こちらは、CDBの電子顕微鏡施設の方で撮像されたものと思いますので、そちらの元データに戻って確認できれば良いのですが。

遺伝子発現パターンについては、現時点で疑義があるようなので、ここでは議論しません。

【追記】例えば以下のような科学者による記事があります。
Re: 「STAP現象は検証する価値のある合理性の高い仮説
＞Oct4-GFP発現までは正しいと思いますので
正しくないですよ．
今日笹井先生が配られた資料を見てびっくりしました．
「遺伝子発現パターンの詳細解析でも、STAP細胞は、ES細胞や他の幹細胞とも一致せず」
若山先生もトランスクリプトーム解析でSTAPは他の細胞と違うと仰っていました．
ところが，その「トランスクリプトーム解析」で分かることは，STAP細胞と呼ばれるもの同士ですら
「遺伝子発現パターン」が様々であることです．

C）胚盤胞の細胞注入実験（キメラマウス実験）の結果
「ES細胞、TS細胞の混ざり物では細胞接着が上手くいかず、１つの細胞塊にならない」と書かれていますが、現在、若山氏が注入した細胞について本当にSTAP細胞（仮）であったの疑義が取りざたされています。
「混ざり物」ではなく、「ES細胞のみ、TS細胞のみ」であれば、細胞接着には問題なく、互いに馴染み合って塊になるのではないかと推測します。

また「胎仔、胎盤、卵黄膜（←哺乳類では卵黄嚢膜が正しい）内胚葉に細胞貢献」するのは、ES細胞やTS細胞の混入では起こりえない、とされていますが、TS細胞はtrophoblast stem cellsとして、胎盤に寄与できる細胞ではないでしょうか？

さらに「内部細胞塊や桑実胚の細胞とも考えにくい」とされていますが、その根拠が示されていません。
そもそも、内部細胞塊が胎仔膜（卵黄嚢膜や胎盤）以外の細胞に寄与できることが知られているのに対し、桑実胚の段階では各細胞に全能性があることについては、胚盤胞注入実験により検証されてきたことではないでしょうか？

以上のような可能性を総合的に判断すると、「STAP細胞が無くても十分説明できる現象である」と考えられます。
是非、多能性幹細胞の専門家の方のご意見も伺いたいと思います。

コメント
01. 2014年4月18日 21:41:06 : bv6eDeDlJo 緑色の死にかけの細胞（STAP細胞？）が動き回るように見えるのは、やはりこの細胞を貪食した マクロファージが動き回ることで、そう見えているように見えますね。緑の蛍光がマクロファージの 細胞質全体に拡がる（貪食した細胞の細胞質が破れて崩壊される）シーンも見えます。 記者会見やニュースでは、この動画の再生を途中で停めてしまうのでそれらしく見えますが、 動画を最後まで見れば、緑の蛍光を放つ細胞は死に行く細胞であり、だからこそマクロファージに 貪食されてお掃除される訳で。やっぱり自家蛍光？
02. 2014年4月18日 22:02:15 : bv6eDeDlJo >>01訂正：（貪食した細胞の細胞質が破れて→（貪食した細胞の細胞膜が破れて
03. 2014年4月19日 01:32:40 : 1tlWyFj30Y 新しい発見・現象に対してこのおばさんのように疑うことは常に可能だと思われて仕方がない。
04. 2014年4月19日 01:58:55 : nJF6kGWndY 疑うこと そして研究者が、それに応えることで研究は進む
05. 2014年4月19日 13:32:49 : BbxGhFcMPI ＞０３ 反論は、いろいろな不正疑念（捏造･改ざん）が多くある中で、それだけでは得られないのではないかという笹井氏の３点の現象について、十分他に解釈（誤解や不正で生み出しうる）がありうることを示したものであり、決して新発見や新現象の考察として述べているのではありません。
06. 2014年4月19日 15:42:53 : bv6eDeDlJo 本記事最後の大隅教授の以下の呼びかけ > 是非、多能性幹細胞の専門家の方のご意見も伺いたいと思います。 に複数の専門家がコメントを寄せていて、その内容が以下のURLで読めます。 http://blogos.com/article/84804/ やはりライブ・セル・イメージングに関しては、死細胞のマクロファージ貪食像との意見が大勢のようです。 前駆細胞が培養中にマクロファージに分化するため、動画後半で貪食像が目立ってくるとの指摘にも納得。
07. 2014年4月20日 07:00:08 : niFX42YY9o 笹井副センター長の会見の矛盾点。研究ノートを見ていないという事だったが。 １月２８日会見　笹井副センター長の説明の中の小保方氏のSTAP細胞研究について ※「非常に説得力のあるデータが１個１個ある。ちゃんと裏取りがされている。」 ※「これは作ったような話で、できるものではない。」 ”作ったような話”の部分に小保方氏が反応してギロッと笹井氏の顔を見る瞬間が興味深い。なぜ、その言葉に瞬間的に反応したのだろうか？人間の反応はおもしろい。 テレビ番組での笹井副センター長のコメント ※「小保方さんの研究ノートは緻密でキチっとしている優秀な研究者」 これは、この前の笹井氏の会見内容からすると随分と食い違う内容。 研究ノート知らない、実験知らない、責任知らない、これは通らないですね。 論文後半だけ参加とか共著責任者として、知らぬ存ぜんとはおかしいですね。 TouTubeでおもしろいので紹介(時間長いです) STAP細胞騒動をDr.マクガイヤーが語る！ https://www.youtube.com/watch?v=BPuL9qsHHzY&list=PLquDXxysx7MI55CwdNpYrpLwqGOPoL2gc&index=39 「冒険野郎マクガイヤーブログ」 http://d.hatena.ne.jp/macgyer/ 同じ生物学者なので、研究者の罵倒・批判は避けているようです。 TCR(T細胞受容体)BCR(B細胞受容体) T細胞由来で脱分化であればSTAP幹細胞であると STAP細胞は増殖力がないから医学的には使えない。 STAP幹細胞は増殖力がある。 小保方論文では、このSTAP幹細胞に増殖力を持たせる事が出来るのがウリだった。 『小保方氏の論文の内容ではSTAP幹細胞のTCR遺伝子再構成は確認できたとある』 しかーし、３月５日の理研のプロトコルで ※STAP幹細胞の遺伝子再構成を確認できなかった。 ※要するにSTAP幹細胞は脱分化を確認できなかったと既に証明されていた。 ３月５日の時点で理化研はSTAP幹細胞が成功してなかったと言っていると同じ。 では小保方氏がSTAP細胞を見たと言っている細胞はいったい何なのか？ Dr.マクガイヤーが言うようにアホなドジっ娘(愛嬌)だったのかもしれない。 何かの見間違いか新しい細胞か？どちらにしても小保方氏は恥は一時で論文撤回して研究やり直しした方が傷口は小さくて済むのではないだろうか。 ただ、もし問題がスルーされていたとすれば、未だにリケジョブームでオボコフィーバーは続き、理化研は国から認定され巨額な研究費が決定し関連バイオ株は連日高騰していたに違いない。ただ結果的には論文内容の実験と証明が事実出ない為に早かれ遅かれ解った事。STAP細胞が仮説に戻ったのは正しい。 割烹着コスチュームとピンク壁、ムーミン画のリケジョ演出も外国では殆ど放送されず放送したのは日本と韓国だけである。理化研の外国人研究者は中国人１２０人以上、韓国人８０人以上。こんなずさんなら研究資料も危ういな。 STAP細胞があると信じているなら誰にも止められはしない。ただし、国際特許も提出済みで科学誌に論文掲載した研究が再現できなければ、たとえ日本で出来たと言ったとしても世界では認められない。 研究実験の経過をノートに記しデータを取り、動画・画像に残し整理してファイルする。そして研究結果の事実がまとまったら論文にして公開する。地道な作業だが科学の研究論文とはそういうものではないだろうか。論文不備や間違いがあれば訂正すれば済む事である。 理化研が問題にしているのは、小保方氏の博士論文とネイチャー誌掲載論文の基本的に違う実験方法で、それに伴いデータ切り貼り加工、違う実験なのに博士論文からの細胞画像と同じものを使った事がよく解らない行動。ただ、不正疑惑は調べでたくさん出てきてしまった。 学生なら「間違えました」に教授が「しょうがないな！」で許してくれる話だがネイチャー誌を通し世界に発見技術を公開したもので、ちょっとした間違いなら訂正で済むが、そもそも実験方法を変えていたので特許も絡み、簡単ではなくなった。科学は失敗を教訓に前に進む為、その意味なら失敗や間違えは当然にあるのは当たり前。 研究論文は参考でのコピペ引用は引用元・説明をつける。引用を明らかにしないと丸写し剽窃と見なされる。通常で常識的に昔から引用され似たような文章ならコピペにはならないが長文でコピペするならやはり引用元は必要。 科学者において研究ノート・論文はとても大事なものである。東大や京大なら当たり前の事である。京大の山中教授は教え子に研究ノートの取り方を教えるが同時に重要で大切にする事を理解させている。だから、コピペだらけの論文には価値はない。 他者の論文・文献をコピペが引用なら問題ないでしょう。論文コピペや剽窃がいけないとされているだけですから。生物・化学・医学など材料など科学で通常利用する文章は誰もが大体同じになるのであれば問題ないし、コピペなら引用元を表示してれば問題ない。研究論文を大事にしない大学教授は科学研究は語れない事を知るべき。 自分の論文が引用されているかどうかを調べる有料検索サイトがある事から、背景に近年増えている不正問題がある表れか。 ＳＴＡＰ細胞論文に限らない！世界で蔓延するコピペ・データ改ざんの実態！？ https://www.youtube.com/watch?v=nYWVqc9iCHM&list=PLquDXxysx7MI55CwdNpYrpLwqGOPoL2gc
08. 2015年1月02日 23:48:27 : h1BIVPllAk Video 1,2 は、緑色のものが、初め少なかったところから 段々増えていって、 周りを 食べている【取り込んでいる】映像 という以外には見えません。

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