課税の対象を何にするのか
さらに宗教法人の収入とは何か/li>
お寺ごとか？宗教法人ごとか？または宗派ごとか？/li>

によって大きな差があります。そもそも収入は、お布施＝臥せられているので収支を出しにくい、そもそも国税が入っても支払った側の金額を簡単には特定できないので（お布施に領収書なんて聞いたことがない）効力がないと思われますね。
少しテクニカルな部分で詰めなければいけません。

ちなみに私は学会員ではないです。

だからやるのです！
それがやる理由。

日本各地の一等地に関連施設を設ける創価学会や莫大な選挙委託金を国庫に収めてくれる幸福の科学など、課税は当然。信教の自由を唱うならば義務を負うべき。

01さんの言う通りテクニカルな問題はあるが、入りの部分ではなく支出について消費税とは別の累進課税など考えられる方法はいくらでもあるはずです。
お金を使う時だけ団体名を変えたり資金を別団体に移すなど抜け道を塞いだ上で、各種メディアへの金銭的影響も含め支出面を議論する必要があると思います。

公明党は大反対だろうな。

http://page.freett.com/sokagakkai_komei/katsudou/soukagakkai_wakayama.html

神社お寺は日本の文化に根付いたものです。
宗教を名乗ったインチキ集団とは別に考えなきゃ。

宗教法人課税で、宗教団体の金の流れを可視化すれば、公明党は存在しないでしょう！

無税は公益事業の場合だけで
一定額の収益には課税（ただし、一般の課税基準より低率）されますし、
宗教法人からの給与には、普通に源泉所得税が課税されます。
収益事業とは、物品販売、不動産販売、金融貸し付けや駐車場経営や、
一般の事業経営などです。
お守りやお札など、一般の物品販売とは異なる喜捨金と認定される場合は
無税です。
しかし、お土産や絵はがき等の一般の物品販売は普通に課税されます。

全国の神社７９０００の神社のほとんどは非課税収入のみでは生活できず、
他の仕事を兼業して生活しているようです。
一方で明治神宮などは、野球場や結婚式場などがあり年間１５０億円の
収益事業収入があるようですし、それ以外にお賽銭収入があるようです。
仏教界でも同様で、地方の小さな寺院はほとんど非課税収入のみでは
生活できないでしょうね。
一方で創価学会や天理教、真如苑などのほか各宗派総本山の非課税収入は
莫大なものがあるように想像されますが、なかなか実態をつかむことは困難でしょう。

最も不明で多額だろうところの０１さんが既に指摘されている
お布施に課税できれば、よいのですが、喜捨の性格があり、一般の収益事業とは
異なりますし、また把握が非常に困難なのですね。
ただし、収益事業を行っている宗教法人や年間８０００万円以上の収入がある宗教法人は収支報告書を法人の所轄官庁（都道府県知事、もしくは文部科学大臣）へ
届けることが義務づけられていますから、
そのへんから、把握していくことと、課税基準をどのレベルにするかの議論がされたらよいのではないかと思います。
ただ、素人なので、これ以上はわかりませんが、
技術的な問題は丁寧に作業していくことでクリアできるでしょう。
、
問題は宗教法人の反発ですね。
創価学会だけでなく、おそらく仏教界だけでなく宗教界全体を敵に回すことに
なるでしょう。
そのへんをどのようにクリアできるか、これは最も大きな課題の一つでしょう。

で、私は宗教法人への課税拡大は基本的に賛成で将来的にはそうすべきかと
思います。
しかし、現時点では、じつは大企業の７割が法人税を払っていないことのほうが
大きな問題ではないでしょうか。
平成３年度に約６０兆円もあった税収のうち法人税収入が約１９兆円、平成２２年と７．５兆円と１２兆円も減っています。景気後退も大きいのですが、法人税減税のしくみが大きいと考えています。
株式配当をしている会社でも経理操作でちょっと赤字をだせば簡単に法人税を
納めなくてよくなる、その仕組みを変えることは大事ではないでしょうか。
消費税をあげれば確実に２，５兆円は入るからという人がいますが、じつはそれは
間違いです。
平成９年から消費税収入は１０兆円規模で一定しているのですが、同年の所得税収入は１９．２兆円もあったのですが、平成２２年度は１２．８兆円ほどに下がっています。つまり景気の後退の要因に消費税増税があり、所得税も伸びない、法人税収入ものびないという負のスパイラルに入ってしまっているのです。（数字は財務省の主要税目の税収（一般会計）より）

だから、簡単に消費増税をするのではなく、徹底した行政改革や税制改革で
まず、そういう不公平な税制を変えていくことが、本当の意味での税制改革ではないでしょうか。

税の専門家の方のご意見をお聞きしたいですね。